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Bacoli fu fondata dai Greci nel VI secolo, che la adibirono a zona militare, ma nel III secolo venne distrutta da Annibale. Furono i Romani a far fiorire la città, che dal II al IV secolo innalzarono ville lussuosissime, ricche di marmi e mosaici. Sfruttando i paesaggi locali e la terapeuticità delle acque, costruendo ponti e piscine per collegare la città, e aumentarono anche i palazzi. La zona conobbe un periodo di decadenza causato dalla caduta dell'impero romano e le successive invasioni barbariche che penalizzarono la città, facendole perdere il ruolo imponente che si era guadagnato. 
Nel 600 una colonia di ebrei napoletani, diede nuovamente vita al paese, basando l'agricoltura sulla pesca, sul vino e sulle cave di tufo. Fino alla metà del 700 il lago Fusaro venne utilizzato per l'allevamento di cozze ed ostriche, e successivamente Ferdinando IV di Borbone fece edificare su un isolotto la Casina Reale, un padiglione adibito per la caccia e la pesca.
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